細菌（微生物）検査は、呼吸器感染症、尿路感染症、皮膚・軟部組織感染症、髄膜炎、耳鼻咽喉科領域の感染症、感染症心内膜炎、腸管感染症など、病気（感染症）を起こしている原因となる細菌（微生物）を特定（検出）します。さらに、特定（検出）された菌に効く薬剤抗菌薬を調べて、患者さまの診断・治療に貢献する検査です。
一般細菌検査
1.塗沫鏡検（顕微鏡）検査：菌を染めて見ます
患者さまから採取する材料（検体）をスライドガラスに塗り、色素を使い染色して光学顕微鏡で観察する検査です。代表的な染色法は「グラム染色」です。
顕微鏡で観察する臨床検査技師 
グラム陰性桿菌 
グラム陽性球菌の肺炎球菌など
2.培養検査：菌を増やして検査します
採取された材料（検体）に菌がいるかいないかを確実に判定するために、患者さまの情報や患者さまの材料の状況に応じて寒天平板培地を組み合わせて、人の体温に近い温度で24 ～72 時間かけて菌を培養し（増やし）、肉眼で観察できる菌のかたまり（コロ二一集落）に育てて、大きさや形、色、においなどを観察し、菌の名前を推定します。
培地上の性状確認 
培養検査に使用する寒天培地 
培養中の寒天培地
3.同定検査：菌の種類・名前を見つけます
当院では質量分析装置を使用して発育したコロニー（細菌の集落）から菌種を突き止める同定検査を行っています。結果は約10分で分かります。
4.薬剤感受性検査：特定（検出）された菌に効く薬剤（抗菌薬)を調べます
特定（検出）された菌に対して、有効な薬剤（抗菌薬）数種類について調べます。結果は半日から1日ほどかかります。
5.結果報告
顕微鏡検査から薬剤感受性試験の結果までを総合して、患者さまの治療に直結する検査結果を報告します。
抗酸菌検査
抗酸菌検査とは、主に結核菌を検査することをいいます。
塗沫鏡検（顕微鏡）検査、培養検査、同定検査、薬剤感受性検査を行いますが、一般細菌検査とは検査方法が異なることや、培養検査で菌の発育に時間が必要なことから最長で8週間程度かかることがあります。
赤く染まっているのが結核菌です 
抗酸菌検査中の臨床検査技師
迅速検査
迅速検査は検査時間が30分～1時間程度で結果報告ができるため、早期に感染症を推定することができます。
- C.difficileトキシン検査
- 便中ロタ・アデノウイルス検出検査
- 便中ノロウイルス検出検査
- A群溶血連鎖球菌抗原検査
- 髄液中抗原検出検査
- 尿中肺炎球菌抗原検査
- 尿中レジオネラ抗原検査
院内感染対策
細菌検査部門では、病院で検出された菌の情報管理をしています。患者さまから検出された菌や薬剤感受性試験の情報を元に、「薬剤感受性試験と検出された菌の関連を集約した報告」や「同じ菌が複数の患者さまから検出され院内感染が疑われないか」「薬剤耐性菌の検出割合」などを調査しています。こうして得られた結果は院内感染の防止のために役立てられています。